Em 1905, o então presidente do Estado de São Paulo, Jorge Tibiriçá, e o secretário da agricultura, Carlos Botelho, reorganizaram a Escola e reiniciaram as obras. Problemas com a finalização do edifício principal acarretaram numa série de modificações no projeto original
pela Diretoria de Obras Públicas, sob a responsabilidade do projetista José Van Humbeeck. Contudo, a concepção original foi mantida: um longo edifício com cerca de 100 m, no centro organizador da principal área da escola, articulado por um lado, com a 'fazenda modelo' (terreiro, destilaria, piscicultura), e por outro, com o 'posto zootécnico' (jardim, cavalariças, criação de bicho-da-seda, galinheiro e pocilga modernos). Da proposta, somente o edifício principal com os dois anexos foi executado, os demais foram construídos em outros pontos
da fazenda, enquanto a área prevista para a 'fazenda modelo' e o 'posto zootécnico' foi ocupada pelo parque. O

edifício principal foi concluído e inaugurado em 1907. A ESALQ, estruturada inicialmente para o ensino médio, passou ao ensino superior em 1925. Com a fundação da Universidade de São Paulo em 1934, a Escola foi integrada à USP. Em 1945, passou por ampliação de sua área, construção e ampliação de edifícios, instalações, ginásio e residência.